MBAの世界ランキング100に入るようなスクール、大学を志望校にするか、有名大学世界ランキング100に入っている中でMBAコースのある大学を志望校にするかは、どういうメリット、デメリットがありますでしょうか。

前述させて頂きました内容に関連致しますが、やはり学校の「知名度」がキーになると思います。通常有名大学のランキングは、ビジネススクールや大学院といった条件がありませんので、総合大学としての順位を付けます、そのため必然的に学校名が有名なスクールが上位にくることになります。ただビジネス系の学位に弱い学校もランクされてくることになります。

例えばイギリスのトップスクールであるUniversity College London（ワールドランキング8位）ではMBAコースは開講されていません。
http://www.ucl.ac.uk/prospective-students/graduate-study/taught/degrees/search/programmes

一方ビジネススクールランキングには逆のことが言えます、総合大学としてのランキングではないので、世界的に知名度のない学校以外も数多くランクされています。ただあくまでビジネス系で優秀な学校を集めていますので、MBAコースは定評がある学校が並んでいます。

総合大学ワールドランキング：
世界的に知名度のある総合大学
ビジネス系の学位が優秀でない場合がある

MBAワールドランキング：
世界的に知名度のない大学、専門学校もランクされる
ビジネス系で優秀な学位を提供していることに間違いない

以上のようなメリットとデメリットがあります。もし気なるようであれば、下記のような総合大学ワールドランキングの中で、ビジネススクールがありMBAをしっかりと開講しているスクールを選ぶ、という手もあります。ただその際は北米のトップスクールが数多く入ってくるため、トップ100位くらいまでは見た方が無難ではないかと思います。
http://www.timeshighereducation.co.uk/world-university-rankings/2012-13/world-ranking